Căn cứ tại Điều 2 Luật Dân quân tự vệ 2019, Ban chỉ huy quân sự cơ quan, tổ chức là tổ chức được thành lập ở cơ quan, tổ chức để thực hiện công tác quốc phòng.

Ban chỉ huy quân sự cơ quan, tổ chức không bao gồm Ban chỉ huy quân sự Bộ, ngành trung ương được thành lập theo quy định của Luật Quốc phòng.

...

Điều 19 Luật Dân quân tự vệ 2019 quy định:

Chức vụ chỉ huy Dân quân tự vệ

1. Các chức vụ chỉ huy của Ban chỉ huy quân sự cấp xã, Ban chỉ huy quân sự cơ quan, tổ chức bao gồm:

a) Chỉ huy trưởng, Chính trị viên;

b) Phó Chỉ huy trưởng, Chính trị viên phó.

2. Các chức vụ chỉ huy của đơn vị Dân quân tự vệ bao gồm:

a) Tiểu đoàn trưởng, Chính trị viên tiểu đoàn, Phó Tiểu đoàn trưởng, Chính trị viên phó tiểu đoàn; Hải đoàn trưởng, Chính trị viên hải đoàn, Phó Hải đoàn trưởng, Chính trị viên phó hải đoàn;

b) Đại đội trưởng, Chính trị viên đại đội, Phó Đại đội trưởng, Chính trị viên phó đại đội; Hải đội trưởng, Chính trị viên hải đội, Phó Hải đội trưởng, Chính trị viên phó hải đội;

c) Trung đội trưởng;

d) Tiểu đội trưởng, Thuyền trưởng, Khẩu đội trưởng;

đ) Thôn đội trưởng kiêm chỉ huy đơn vị dân quân tại chỗ.

Như vậy, các chức vụ chỉ huy của Ban chỉ huy quân sự cơ quan, tổ chức bao gồm:

- Chỉ huy trưởng, Chính trị viên;

- Phó Chỉ huy trưởng, Chính trị viên phó.